一、已建一级学科

基础医学

临床医学

公共卫生与预防医学

药学

中西医结合

护理学

二、二级学院

基础医学院

公共卫生学院

药学院

护理学院

口腔医学院

临床医学院（实化中）

三、实体运行科研机构

生物医学研究院

脑科学研究院

放射医学研究所

脑科学转化研究院

上海市重大传染病和生物安全研究院

生殖与发育研究院（筹）

智能医学研究院（筹）

营养研究院（筹）

感染与健康研究院（筹）

法庭科学研究院（筹）

医学遗传研究院（筹）

新药创制联合研究中心（实化中）

临床药学中心（待论证）

中西医结合研究院（实化中）

四、基础支撑共享平台

实验动物科学部

公共技术平台

五、地方合作研究机构

闵行复旦上医创新研究院（前期）

青浦医学创新园区（前期）

宝山医学创新园区（前期）

无锡研究院（前期）