复旦大学上海医学院共有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、护理学6个一级学科，口腔医学一级学科也正在筹建中。其中基础医学、临床医学、药学、中西医结合4个学科入选为首轮国家“双一流”建设学科，基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合3个学科入选上海高峰学科建设计划。