基础医学是现代医学的基石，更是引领医学创新发展的引擎。复旦大学基础医学学科创建于1927年，以“名师传承、基础扎实”而著称，拥有一批我国基础医学学科的创始人和开拓者，为国家培养54位两院院士，是我国最早开展基础医学本科、研究生教育的学科之一，是首批国家重点学科、博士学位授予点和博士后流动站。近年来获得国家首轮和新一轮“一流”学科、高水平地方高校建设一流学科和高峰学科支持，在教育部第四轮一级学科评估中获A。学科相关的6个领域全部进入ESI世界前1%，其中药理学与毒理学进入前1‰。

本学科始终坚持“立德树人”根本任务，基于医学健康事业的源头创新，以培养杰出的、有温度的医学科学家和医学科技创新人才为目标。入选首批拔尖人才计划2.0、首批强基计划，拥有全国高校黄大年式/国家级教学团队和上海市教育功臣等名师，获全国首届杰出教学奖、全国教育系统先进集体，拥有国家级实验教学示范中心。主编/副主编国家级规划教材13部，入选国家精品在线开放/资源共享/一流课程9门，国家虚拟教研室1项。获国家级教学成果一等奖等7项。

本学科聚焦代谢性疾病、感染与免疫性疾病、心血管疾病、肿瘤、神经精神疾病的前沿科学问题，整合优势力量形成了四大学科群，开展原创基础与应用研究。本学科目前拥有医学神经生物学国家重点实验室、治疗性疫苗国家工程实验室、科技部医学表观遗传与分子代谢国际科技合作基地、医学分子病毒学教育部/卫健委重点实验室、代谢分子医学教育部重点实验室、糖复合物卫建委重点实验室、上海市医学表观遗传学重点实验室、上海市医学图像处理与计算机辅助手术重点实验室等14个国家级、省部级科研平台，获批教育部珠峰计划首个脑科学前沿科学中心。现有院士6名、各类国家级高层次人才计划入选者百余人次；国自然创新群体1个，上海市创新团队7个。科研成果在Nature、Science、Cell等发表，入选“中国科学十大进展”“中国高校十大进展”“中国十大医学进展”等。近五年以第一单位在国际重要期刊上发表学术论文千余篇，其中近百篇发表在Nature、Science、Cell及其子刊。获国家科技奖及省部级奖10 余项，纵向经费近9亿元；横向经费近2亿元，专利转化14项，总额近6千万元。 本学科向社会提供高质量医疗科普健康服务。P3实验室等平台服务全国数十家单位新冠疫情攻关，新冠疫苗进入国际III期临床试验，多肽候选药物进入I期临床试验，为抗疫做出重要贡献。基于国产神经导航系统的微创神经外科手术集成技术和产品已向全国推广应用；研发的抗病毒产品应用于千家医院；多项产品获中国国际工业博览会和高交会“优秀展品特等奖”和“优秀产品奖”。学科主持或参与制定7项国际、国家及地方标准和咨政报告。作为中国唯一代表参编了国际放射防护委员会氡防护建议书；服务上海放射诊疗装置质控检测和人员健康检查。长期打造“两馆两中心”特色品牌，遗体捐献接受站获中国红十字会先进集体等荣誉。