药学学科以临床需求为目标，聚焦肿瘤、心脑血管疾病、代谢性疾病及中枢神经系统疾病等，开展基于新靶点、新机制、新结构、新制剂的原创药物研究。现有药物化学、微生物与生化药学、药理学、药剂学、生药学、药物分析学和临床药学等7个二级学科。2017年，复旦大学药学学科入选教育部第一轮双一流学科建设，2022年入选第二轮双一流学科。

药学学科现有在编教职员工138人，含正高职称48人，副高职称49人，博士生导师52名，硕士生导师40名。拥有国家重点联系专家2名、973首席科学家3名、国家杰出青年基金获得者5名、国家级青年人才项目入选者5名、上海市海外高层次人才计划10名、省部级高层次人才30余名。

在才培养方面，复旦药学2021年入选基础学科拔尖学生培养计划2.0基地，新增学生获国家级及以上获奖1项，在师资队伍方面，引进青拔1名、国家级青年特聘专家1名，新增教师和研究员10人。在科学研究方面，2021年立项项目128项，其中国家自然科学基金17项，科研到账经费达6842万元。完成千万级以上新药成果转化6项，转让合同金额6.3亿元。获授权专利32项，发表高水平论文210篇。药学学科国际地位和影响力不断提升，2022年《US News》榜单中，复旦“药理学与毒理学”全球排名第15位，中国第2位，《QS》榜单中，复旦“药学与药理学”2022年全球排名第34位，中国第3位。