复旦大学中西医结合学科肇创于上世纪50年代，是我国首批中西医结合硕士与博士点及最早设立博士后流动站单位之一。1997年沈自尹当选中科院院士，2002年设立中西医结合系，2007年中西医结合一级学科成为国家重点学科。2015年成为上海市高峰学科，2016年成立复旦大学中西医结合研究院，并整体成为WHO传统医学合作中心，2017年成为国家“双一流”建设学科，2019年进入上海市地方高水平大学重点建设学科。2022年进入第二轮国家“双一流”建设学科。5年来获得国家级科研项目137项，省部级成果奖13项。

本学科具有良好的学术声誉和创新能力。早期有姜春华、沈自尹“肾本质”“辨证和辨病相结合”“辨证微观化”和曹小定等的针刺镇痛研究，急支糖浆与麝香保心丸研发等。60多年来，根据国家和时代需求，在中西医结合基础理论及应用研究、中西医结合治疗重大及疑难疾病研究、针刺效应机制研究、中国传统医学架构研究、中西医结合转化医学研究等方向构建学科群。拥有较强师资力量和研究平台，包括跨学科平台（一流临床医学、基础医学、公共卫生、药学和人文学科平台）。不仅有沈自尹（逝世）、曹小定等老一辈学者，也有一批优秀的学科与跨学科中青年专家，梯队较为完整。近年来，学科已有六个国家临床重点专科，形成了重点专科群。

借助上海市高峰学科建设的良好契机，创办了《传统医学与现代医学》英文版期刊。分别在乌兹别克国家科学院、美国哈佛医学院、新西兰中医学院建立了杂志的中亚、北美和澳新中心；2021年在云南普洱创建了杂志的云南分中心。经过几年的建设，杂志被美国化学文摘（CAS）等数据库收录。

近年来，与哈佛、约翰霍普金斯、牛津等大学建立深入合作关系，联合培养研究生和博士后，协作开展研究工作和教学活动，并在国际一流杂志发表合作研究论文数篇；与新西兰中医学院签订协议，联合培养研究生；与土耳其和巴西卫生部开展合作，签订合作备忘录，共同推进中医药国际传播。