2007年全国第三批（最后一批）国家重点学科评选，复旦大学共入选一级学科国家重点学科11个、二级学科国家重点学科19个，继续保持全国前列位置，其中：医学直接建设和参与建设的一级学科国家重点学科3个、二级学科国家重点学科12个。
一级学科国家重点学科
基础医学；中西医结合；生物学（参建）
二级学科国家重点学科
| 序号 | 所属一级学科 | 入选学科 |
| 1 | 临床医学（9） | 内科学（心血管病、肾病、传染病 ） |
| 2 | 外科学 | |
| 3 | 儿科学 | |
| 4 | 妇产科学 | |
| 5 | 神经病学 | |
| 6 | 影像医学与核医学 | |
| 7 | 眼科学 | |
| 8 | 耳鼻咽喉科学 | |
| 9 | 肿瘤学 | |
| 10 | 公共卫生与预防医学（1） | 流行病学与卫生统计学 |
| 11 | 药学（1） | 药剂学 |
| 12 | 公共管理（1） | 社会医学与卫生事业管理 |
（注：2014年2月15日，根据《国务院关于取消和下放一批行政审批项目的决定》（国发〔2014〕5号），教育部取消国家重点学科审批。）